概述

全基因组Survey 分析是指对于没有基因组参考序列的物种，正式启动基因组项目前，基于小片段文库的低深度测序数据，通过K-mer分析，可有效评估基因组大小、GC含量、杂合度高低及重复序列含量等信息。

应用

1.是进行全基因组测序的基础和前提，为后续全基因组de novo测序及组装策略的制定提供依据；

2.通过基因组Survey分析，可对基因组进行初步组装，然后进行SSR标记开发及同源注释等高级分析。

技术流程

样本要求

样本类型：无降解，无RNA污染的DNA样品

样本总量：≥ 2 μg DNA

样本浓度：≥ 30 ng/μl

样本纯度：OD_260/280=1.8~2.0

策略

测序平台:HiSeq PE150

文库：小片段文库

测序深度

50X

常见问题

Q 做全基因组survey有什么意义?

通过 Survey 可以知道基因组大小、GC 含量及重复序列等情况,为后续测序、组装研究提供指导。Survey 一般建 500bp 小片段文库，测 50X，这些数据是不会浪费的，可以用于后期组装。

Q 全基因组survey结果展示中对全基因组大小预估是怎样的？

mer深度分布服从泊松分布，根据曲线获得K-mer深度期望值，用于估计基因组大小。一般来说我们会选择K-mer分布最多的峰为主峰，主峰所对应的深度值为K-mer深度期望值。基因组大小=K-mer总数/K-mer期望深度值。如下表示例：